Nach dem Tod des letzten Kustos  P. Martin Prohaska im Jahre 1971 fristete die Sammlung ein eher trauriges Dasein. Aus Mangel an Wissen, Interesse und Verständnis über den wissenschaftlichen und materiellen Wert der Mineraliensammlung musste die Sammlung nun auch aus dem Dietmayrsaal weichen, um der Landesausstellung 1980 („Österreich zur Zeit Kaiser Josephs II.“) Platz zu machen (der Abtransport dürfte aber schon etliche Jahre vorher erfolgt sein). Die Schäden, die an vielen Exponaten durch die unsachgemäße Verpackung und den oftmaligen Transport entstanden, sind enorm. Beispielsweise wurden die Objekte in Säckchen gesteckt und ohne weitere Dämmung übereinander in Kartons verpackt. Diese wurden aus Platzgründen übereinander gestapelt.

Um 1978 begann sich Herr Gerald Knobloch für die Mineraliensammlung im Stift Melk zu interessieren und fand Unterstützung bei Pater Jeremia Eisenbauer. Man trug Informationen über die verschollenen Sammlungsbestände zusammen und nach langer, zunächst vergeblicher Suche fanden sich die Schachteln und Kisten im 2. Stock hinter dem Kolomanialtar, in einem abgemauerten Gang. Die damaligen Novizen Frater Adolf Marker und Frater Klemens Auer transportierten sie 1982 in das Zimmer 8 des Kaiserganges, den jetzigen Videoraum. Die Mineralien wurden von Herrn Gerald Knobloch und seiner Gattin Eva Knobloch aus Aggsbach-Dorf, sowie Herrn Mag. Erich Böck vom Kremser Realgymnasium in wochenlanger Arbeit notdürftig gereinigt und fachmännisch sortiert. Ein Teil konnte in den Vitrinen zur Schau gestellt werden.

Im Jahr 1988 musste die Sammlung im Zuge der Arbeiten für eine große Ausstellung (diesmal „900 Jahre Benediktiner in Melk“) eine weiteres mal ihren Platz wechseln. Dazu wurde ein Stück des Ganges vor der Kantorei abgetrennt, die Mineralien wieder in Säckchen gegeben und ohne weiteren Schutz in Kartons gelagert. Durch die Verlängerung der Ausstellung auf ein zweites Jahr blieb diese Notlösung länger als geplant an.

Erst 1991 fand die Sammlung wieder an ihren ursprünglichen Platz im großen Saal über der Sommersakristei zurück. Die Mineralien wurden von Herrn Gerald Knobloch unter Zuhilfenahme von Schülern übersiedelt und in den Originalkästen aufgestellt. Allerdings waren etliche Verluste und vor allem eine gewisse Unordnung nicht zu verhindern.

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