Die heutige Aufstellung
Nach mehreren Umsiedlungen fand die Mineraliensammlung somit im Jahre 1991 wieder in der einstigen Abtbibliothek, in der sie schon von 1803-1913 aufgestellt war, eine endgültige Heimat. Der Raum eignet sich bestens für die Präsentation der Mineralien und besticht durch seine reiche Stuck-Ausstattung und durch das wunderbare barocke Deckengemälde (mit der Darstellung des alten Stiftes, der Jahreszahl 1633 und des Stiftswappens, umgeben von den Apostelfürsten Petrus und Paulus und den Patronen der Klosteranlage, Kolomann und Leopold; darüber schweben Engel mit Palmzweigen und Lorbeerkränzen). Der Boden ist mit „Kehlheimer Platten“, d. h. Solnhofener Kalkstein ausgelegt.
Abt Burkhard Ellegast ernannte im Jahre 1998 Pater Petrus Lehninger zum Kustos der Mineraliensammlung. P. Petrus konnte Abt Burkhard und den Konvent davon überzeugen die Mineraliensammlung zu restaurieren. Im Jahre 1999 wurde zuerst Strom in den Ausstellungssaal eingeleitet und eine Heizung installiert. In den folgenden Jahren bis 2007 wurden von den Haustischlern die 10 alten Sammlungskästen aus den Jahren 1767 und 1803 sowie die Pultvitrinen aus den 1880er Jahren restauriert. Gleichzeitig wurde von P. Petrus die Mineraliensammlung durchforstet, jedes Exponat gereinigt, die Mineralienart und der Fundort überprüft, katalogisiert und neu beschriftet. Die Bestimmung der Mineralienart und die Fundort-Überprüfung war nur mit fachlicher Unterstützung von Herrn Gerald Knobloch möglich. Die heutige Ordnung und Aufstellung der Mineralien erfolgte nach der aktuellen Systematik von Hugo Strunz (1910-2006)
Dank der Förderung und Unterstützung von Abt Burkhard und dem Konvent, ab 2001 Abt Georg Wilfinger und dem Konvent, konnte P. Petrus mit viel Energie und Engagement die Restaurierung vorantreiben, im Jahre 2007 abschließen, und in den Jahren bis heute den Sammlungsbestand wesentlich erweitern.
Eine bedeutende Erweiterung gelang im April 2001 mit dem Ankauf der 600 Stück umfassenden Niederösterreich-Sammlung des Ehepaares Simone und Peter Huber, das auch bei der Sammlungsaufstellung beratend mithelfen konnte. Zahlreiche dieser Stücke sind im Fundstellenführer „Mineralfundstellen / Band 8 / Oberösterreich, Niederösterreich und Burgenland.- München und Innsbruck, 1977“ dokumentiert.
Eine besondere Erweiterung erfuhr die Melker Mineraliensammlung durch eine großherzige Schenkung. Der vor Jahren nach Australien ausgewanderte Herr Rudy Herr war seinerzeit Schüler im Melker Stiftsgymnasium. So ergab es sich, dass Rudy Herr seine alte Heimat noch gut in Erinnerung hatte und der Stiftssammlung am 29.7.2002 seine bedeutende Mineraliensammlung schenkte. Damit fanden außerordentlich große Schaustücke Eingang in die Sammlung! P. Petrus besuchte Rudy Herr in Australien und konnte persönlich die etwa 500 Stücke verpacken und per Schiff nach Europa versenden.
Eine Sammlung zumeist geschliffener Edel- und Schmucksteine, die am 16. September 2004 aus dem Besitz des verstorbenen Grazer Universitätsprofessors Dr. Erich J. Zirkl erworben worden ist, fügt sich außerordentlich gut in jene sechsseitige Vitrine, die nun im Zentrum des Sammlungsraumes steht. Es handelt sich um 377 großteils geschliffene Steine, von denen rund 300 in die Sammlung aufgenommen worden sind. Die Vitrine wurde uns von G. Knobloch aus dem aufgelassenen Altbestand der Geologischen Bundesanstalt in Wien vermittelt.
Am 21. Mai 2005 wurde die Sammlung von Ing. Ottokar Kai aus Linz für Melk käuflich erworben. Es handelte sich um etwa 400 Stück meist österreichischer Mineralien, aber auch um Erze aus dem ehemaligen Jugoslawien (Mežica, Trepca).