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Wie in fast allen Klöstern, Schulen und historisch gewachsenen Museen handelte es sich auch bei der Mineraliensammlung des Stiftes Melk ursprünglich um eine homogene Kollektion - nach rein systematischen Gesichtspunkten geordnet (etwa ab dem Jahre 1801 Ordnung nach Abraham Gottlob Werner 1749-1817 und ab dem Jahre 1852 Ordnung nach Friedrich Mohs 1773-1839). Diese wurde im Großteil ihres Bestandes (rund 2500 Stück mit etwa 350 unterschiedlichen Mineralienarten) auch so erhalten, jedoch nach der heute aktuellen „Strunz-Systematik“ ( Hugo Strunz 1910-2006) neu geordnet, inventarisiert und in den 10 originalen historischen Schaukästen aufgestellt.
Der Grundstock der Sammlung (Altbestand bis zum Jahre 1918) besteht aus vielen erstklassigen Museumsstufen der damaligen Kronländer der Österreichisch-Ungarischen Monarchie. Darüber hinaus gehören zu den älteren Exponaten aber auch schon solche aus Westeuropa, Russland oder sogar Übersee.
Es würde den Rahmen sprengen, hier alle herausragenden Stufen aufzuzählen, aber einige verdienen sich dennoch eine besondere Erwähnung: eine handtellergroße, reich mit Goldblechen besetzte Stufe von Verespatak (heute Rosia Montana) in Rumänien, mehrere prächtige, zepterartige Amethystkristalle und –Stufen von Schemnitz (Banska Stiavnica) / Slowakei, eine kindskopfgroße „Sandcalcit-Rose“ aus Paris, weiters zwei exzellente Stufen der berühmten Manganite von Ilfeld / BRD, mehrere schöne Erzstufen aus Bergbauen im Harz bzw. im Schwarzwald (ebenfalls BRD), ebensolche aus Böhmischen Lagerstätten (besonders hervorzuheben große Quarzstufen mit Zinkblende, Bleiglanz, etc. von Ratiboritz) sowie eine großartige Axinitstufe von Bourg d' Oisans / Frankreich. Ebenfalls aus Frankreich: große Azurit-Knollen von Chessy bei Lyon. Auch Azurite und Malachite von Moldawa / Banat oder aus Sibirien sind überdurchschnittlich gut vertreten. Zuletzt sei noch ein dreifarbiger, 4 cm hoher „Mohrenkopf-Turmalin“ auf Orthoklaskristallen von der Insel Elba erwähnt, der sich ebenfalls schon lange in der Sammlung befindet.
Seit Anfang der 2000er Jahre konnten durch Förderung und Unterstützung von Abt Georg Wilfinger und dem Konvent viele neue Mineralienarten zugekauft werden. Der Sammlungs-Bestand besteht im Jahre 2022 aus rund 6500 Exponate mit 1489 unterschiedlichen Spezies ohne Varietäten (wie zB. Quarz, Varietäten: Bergkristall, Amethyst, Citrin, Rauchquarz, Ametrin, Aventurin, Rosenquarz, Jaspis, Chalcedon, Karneol, Achat, Chrysopras, Morion, )
Diese – überwiegend aus größeren Handstufen bestehende – Sammlung ist in vier Pultvitrinen mit acht Abteilungen aufgestellt, was die übersichtliche Ordnung nach den österreichischen Bundesländern ermöglichte. Sie besteht aus etwa 200 Exponaten, die meisten davon gesammelt und dem Stift geschenkt von Eva und Gerald Knobloch aus Aggsbach-Dorf. Von jedem Bundesland sind die wichtigsten Lokalitäten vertreten. Sowohl „Klassiker“, zum Beispiel von den berühmten Bergbauen Stadtschlaining, Veitsch, Oberdorf, Bleiberg, Hüttenberg oder Erzberg, als auch schöne Alpinstufen finden sich hier. Besonders erwähnenswert ist ein Prachtstück der bunt schillernden „Bleiberger Lumachelle“, welches noch aus dem Altbestand stammt. Viele weitere interessante Exponate belegen die Vielfalt der österreichischen Mineralogie: Berylle aus dem oberösterreichischen Mühlviertel, schöne pseudohexagonale Magnesitkristalle von Großreifling / Steiermark, vielfältige Fluorite diverser Fundstellen, Auripigment von Dellach in Kärnten, reichhaltige Erzstufen aus dem Salzburger Lungau, eine „klassische“ Turmalinstufe vom Tiroler Zillertal oder Kugelpyrite aus Vorarlberg.
Für einige, sehr gewichtige Stufen aus der Sammlung Rudi Herr wurden eigens sechs neue Vitrinen gebaut, die sich hervorragend in das historische Ambiente einfügen.
Erwähnenswerte Objekte sind unter anderem: eine 320 kg schwere Stufe mit bis zu faustgroßen, rosavioletten Fluoritkristallen aus Rosiclare, Illinois / USA, riesige Citrinkristalle und Rauchquarz-Doppelender (bis 120 kg) aus brasilianischen Pegmatit-Miarolen, kopfgroße Amethyststufen und -geoden, ein halbmeterlanger opalisierter Baumstamm aus Australien, und – noch aus dem Altbestand – eine 50 kg schwere, prachtvoll aufgebaute, schneeweiße Eisenblüte vom Steirischen Erzberg. Auch die – bereits erwähnte – 80 kg schwere Pyritstufe von Waldenstein in Kärnten ist hier untergebracht.
In der Mitte des Saales befindet sich die sechseckige Vitrine aus der ehemaligen „K&K Reichsanstalt". Sie wurde von den Haustischlern gekonnt adaptiert und von unseren Hauselektrikern mit einem ausgeklügelten Beleuchtungssystem versehen, welches die Exponate sowohl im Auflicht als auch im Durchlicht zur Geltung bringt. Darin sind etwa 120 verschiedene "edle Steine" aus aller Welt untergebracht. Der Reiz dieser Sammlung besteht darin, dass jede Steinart sowohl geschliffen (meist facettiert oder als Cabochon) als auch roh gezeigt wird. Natürlich sind alle wichtigen Edelsteine wie Diamanten, Smaragde, Rubine, Saphire, Türkise und zahlreiche Edelopale mit Belegen aus aller Welt vertreten.
Dem Erwerb der „Zirkl-Sammlung“ ist es zu verdanken, dass sich auch ausgesprochene Raritäten dazu gesellten, unter denen besonders jene aus Österreich hervorstechen: zum Beispiel facettierte Exemplare von grüner Zinkblende aus der Rauris, rosa Apatit aus Sunk bei Trieben, „Peridot“ von Kapfenstein, Waldviertler Citrine oder großartige Mondsteine aus dem Zillertal. Aus der gleichen Sammlung stammen aber auch sehr große Rohsteine von Spodumen (Kunzit), Saphir oder Topas.